La inhalación de los vapores de los aceites esenciales es segura para la mayoría de las personas, si se utilizan correctamente (no excediéndose en las dosis y diluyéndolos en aceites básicos cuando se aplican sobre la piel). No obstante, el uso continuado de algunos puede presentar efectos indeseables, lo que prueba su potencia.
Por ejemplo, los aceites de artbol de té y lavanda contienen pequeñas cantidades de fitoestrógenos que imitan la acción de las hormonas femeninas. Su uso continuado puede causar agrandamiento del tejido mamario en preadolescentes, según un estudio publicado en el New England Journal of Medicine.